Kanizsa neve valószínűleg szláv eredetű, a knez, knezsev szavakból vezethető le, de arról nincs adatunk, hogy elsődlegesen mire vonatkozott: vízfolyást, például patakot, birtokot, esetleg a knez, kenéz, vagyis az ispán székhelyét-e. Ezekből az alapszavakból származik a Kenesna, Canisa, Kenese, Kanisa, Kanjiž a, Kanizsa is.
A régészeti leletek arról tanúskodnak, hogy az ún. Tiszaparton, a mai Halász tér környékén már a bronzkorban létezett település. Az emberi lakhely kialakulását a Tisza közelsége és gazdagsága, az átkelőhely tette indokolttá, illetve az északi-déli, nyugati utak kereszteződése.
A rómaiak idejében, a népvándorlás korában egy őrhely állhatott ezen a magaslaton, illetve egy erődítmény, földvár, amely a Kanizsa-patak torkolatát is őrizte, vagyis a későbbi Körösét. Anonymus, III. Béla névtelen jegyzője, azt írja krónikájában, hogy 896 táján Zuárd, Kadocsa és Bajta vezérek Kanizsánál keltek át a Tiszán, hogy a folyón túli területeket meghódítsák.A középkori okiratos források szerint Kanizsa királyi birtok volt, 1093-ban pedig a Pannonhalmi Benedek-rendi Apátsághoz került a Miroth nevű halastóval egyetemben. Ekkortájt a mai Budzsák városrész helyén egy másik település is létezett Szatmár néven, amely a Száva-Szentdemeteri Apátság (A mai Mitrovica) birtoka volt. A tatárjárás előtt a településnek az 1240-es összeírás szerint 27 háznépe, vagyis kb. 135 lakosa volt, foglalkozásukra nézve lovas jobbágyok, halászok, szekeresek stb.
Aztán a tatárjárás, majd a törökdúlás idején településünk teljesen elpusztult, helyette a korabeli források is csak Feuldvárat, azaz Földvárat említik. A zentai csata idején Marsigli osztrák térképész tábornok is bejárta a környéket, és megalkotta a Földvár térképét, amelynek másolata a Halász téri emléktáblán is látható.
A török uralom felszámolásával Kanizsa is a határőrvidék része lett, megerősített sáncként, ennek feloszlatása után 1751-ben pedig a Tiszai Korona (Kamara)-kerülethez csatolták. Ebben az időben hagyta el nagyszámú szerb lakosság, és települt át Bánátba, illetve Oroszországba. Helyükbe a Kamara 1753-tól kezdődően magyar lakosságot telepít az északi megyékből, akiknek jogállását az 1773-as rendeletek a szerbek jogaival kiegyenlítik. Kanizsa ezután Bács-Bodrog vármegye szerves részévé vált, nemsokára mezővárosi és révjogot is nyert.
Az elkövetkezendő másfél évszázad meghatározó volt városunk fejlődésében, hatékonnyá vált a mezőgazdaság, benépesültek a kanizsai közigazgatás alá tartozó puszták, mint Adorján, a mai Oromhegyes, Völgyes, Orom, Tóthfalu környéke, először szórványtanyák, majd tanyacsoportok formájában. Ekkor már vásártartás és a hetipiac is megillette (akkor is csütörtökön) Mária Terézia kiváltságlevele révén. Erőteljes fejlődésnek indult az ipar, szakmák és céhek honosodtak meg.
Ezt a fejlődést a magyar forradalom és szabadságharc évei torpantották meg, a város 1849 folyamán kétszer is leégett, elpusztult, csak 110 ház maradt. A múlt évszázad második felében aztán minden újjáépült. Kialakultak fokozatosan a kerületek a Körös utca tájéka, a Központ, a Tópart, a Tiszapart, az Újváros végül a Falu, a mai I. kerület a Körösön túl.
A város IX. századi történetében a nagygazdák, gazdag vállalkozók, kereskedők, iparosok játszották a vezető szerepet. Megalakult a Gazdakör, az Úrikaszinó, az Ipartestület, beindultak az olvasókörök, szakszervezeti körök, megépült a Vigadó, kialakult az Erzsébet liget, más néven Népkert. Gőzmalmok létesültek az "Első gőz- tégla- és cserépgyár" (Grünfeld Herman alapította 1903-ban) a fűrésztelep, és ily módon álláshoz jutott a mezőgazdasági munakerőfelesleg is. Már ekkor hírnevet szerzett a kanizsai építőipar, kőműveseink, ácsaink, kubikosaink egész Közép-Európában dolgoztak.
A XX. század első évtizedei még ütemesebb fejlődést hoztak. 1908-ban lett Kanizsa rendezett tanácsú város, 1912-ben megépült az új városháza, a gyógyfürdő, az új Szent Pál templom a XVIII. században épült, a nagytemplom is ekkor bővült, de az 1700-as években emelt görögkeleti templom is akkor kapta mai küllemét.
Az első világháború viharos változásokat hozott városunk sorsában is. A néhai városi közlegelő területére a kormány délszláv lakosságot telepített, így alakult ki Velebit és a későbbi Vojvoda Zimonjic , de más településkezdemények is kialakulóban voltak. Nagy, dinamikus változásokat hozott a második világháború, ám a város gazdasági, népességi szerkezete lényegében változatlan maradt egészen az 1960-as évekig. Ekkortájt indult be egy határozott fejlődés mind a mezőgazdaságban, mind az iparban. Elkezdődött az olajmezők kiaknázása, az úthálózat korszerűsítése, megépül az új tiszai híd, megszűnik viszont a vasúti forgalom Szabadka felé is, Zenta irányában is. A Tisza 1970. évi nagy áradása után új gátrendszer is létesült, és a város új településrésszel gazdagodott a Körös torkolati részének feltöltésével.
Jelentős fejlődés tapasztalható az építő- és épületanyag-iparban, a fémfeldolgozó ágazatokban, a szigetelőanyag-gyártásban. Felépült az új gyógyüdülő-központ is. Időközben a hatékonyabb földművelés, állattenyésztés feltételei is jelentősen gyarapodtak.
Kanizsa mindig megkülönböztetett figyelmet szentelt az oktatásnak és a művelődésnek. Itt alakult meg a mai Vajdaság szintjén is az egyik első óvoda, mindig fejlett volt az általános iskolai hálózat, az 1880-as években már tanonciskola működött, később, 1965-ben pedig mezőgazdasági iskola is létesült. Már az 1840-es években volt színház is. Ma a városnak van könyvtára, működik a Cnesa Oktatási-művelődési Intézmény, a művelődési egyesületek, a zeneiskola, és most van folyamatban az új színpad építése. Nagyon eredményes sportegyesületekkel is büszkélkedhetünk.
Nagyon jelesek egyes kanizsai rendezvények, mint a már 47. évében járó Kanizsai Írótábor, a Dzsessz-napok, az Atlétikai- és Úszómaraton. A településnek, községnek a tájékoztatás vonatkozásában sem kell szégyenkeznie, amit az Új Kanizsai Újság, az Orbis folyóirat és a helyi kábeltelevíziós csatorna bizonyít.
Kanizsán született Beszédes József jeles vízépítő mérnök Dušan Dimitrijevic író, a Szerb Matica elnöke, Tóbijaš Ninc ic , írói nevén Ozoray Árpád. Kanizsai (Csuka) Ferenc író, Koncz István, Tolnai Ottó költők, írók, Dobó Tihamér festő és sok más jelentős tudós és művész.